El territorio del pueblo Yine está estrechamente relacionado con su ocupación histórica, el manejo de los recursos y su relación con el bosque. Los Yine, como pueblo ancestral, utilizan territorialmente los gradientes altitudinales que llegan hasta los 500 metros sobre el nivel del mar, donde se encuentra la gran biodiversidad de ecosistemas de la ecorregión de selva baja. El límite natural de su territorio es el piedemonte.
En términos de territorialidad, han existido y existen zonas que funcionan como corredores de movilización para el pueblo Yine. Estos corredores conectan con la cuenca del Purús en dirección a la cuenca del río Acre en Brasil, el Manu por los ríos Varadero y Las Piedras, el Pongo de Mainique hacia Quillabamba; otra ruta es el descenso de las aguas del bajo Urubamba hacia el Ucayali, y desde la desembocadura de los ríos Tambo (Atalaya). Otra parte hacia el oeste por el río Tambo, y hacia el actual territorio Ashaninka, zona ancestral del cerro de la sal (Smith, 2019).
Los yine de Perú utilizan referencias hidrogeográficas para ubicar a sus pueblos. Por ejemplo, los del Bajo Urubamba son conocidos como Yine Yami, los de Madre de Dios como Yine Mano Gajene (Río Manu), los de la zona del Río las Piedras como Yine Sotlugapga Gajene, los del Bajo Ucayali como Koshawataya Gajene y los Manchineri de Brasil como los Yako Gajene.
Actualmente, la mayoría de las comunidades yine se encuentran en la cuenca baja del Urubamba. En esta zona se han identificado al menos cinco sitios sagrados, que son lugares que no han sido deforestados ni invadidos y que tienen una gran importancia en los mitos de origen de las comunidades.
En la comunidad de Monte Salvado se ha observado un aumento de la presencia de pueblos indígenas en aislamiento en los últimos 20 años. El Ministerio de Cultura viene protegiendo a la comunidad, especialmente después de las alertas sobre la presencia de los pueblos en aislamiento en la cuenca del río Las Piedras, en la provincia de Tambopata. Dada su proximidad a la Reserva Territorial Madre de Dios, la comunidad de Monte Salvado cuenta con un puesto de vigilancia cogestionado por el Ministerio de Cultura y FENAMAD. En la zona también se ha monitoreado a la población Mahsco Piro y a otros pueblos indígenas cuya etnia aún no ha sido identificada.
Las casas Yine se fabrican con materiales obtenidos del bosque, estas se construyen y tejen con lianas y/o árboles de diversas especies previamente seleccionadas.
Las casas tradicionales son de forma rectangular y pueden medir entre cinco o tres metros, el tejado puede medir hasta 6 metros, además, los suelos se construyen con ponas y para el tejado utilizan palmeras shebon.
