Antiguamente, los matsés construían grandes casas comunes llamadas shubu kimo, que tenían una forma exógena regular, a menudo cubiertas con un tejado de hojas de palmera, plegadas y apiladas hasta el suelo, con una abertura en la parte delantera y trasera de la maloca. Las malocas tenían una ubicación precisa y estratégica, se situaban en un terreno elevado orientado en paralelo al curso de agua situado a un nivel inferior y rodeado por un círculo de huertos en producción. Además, se dispuso una zona de transición entre la comunidad y el bosque circundante. En 1976, las malocas Matsés más grandes observadas en Perú medían hasta 35 metros de largo y 10 metros de alto, y albergaban a 100 personas.
Era común la construcción de pequeñas chozas improvisadas o shubus, después de una caminata por la selva, antes de llegar a casa, guardaban en el shubu alimentos no perecederos, y dejaban temporalmente animales que habían capturado, ya que no sería conveniente hacerlos pasar bruscamente de la selva al interior de las malocas.
En la actualidad, la inmensa mayoría de las casas de los matsés contemporáneos se han construido al estilo mestizo regional no indígena, grandes y frescas casas sobre pilotes hechas con listones de palma cebada y techadas con hojas de palma. Los matsés nunca construyen sus casas en zonas inundables, por lo que los zancos no les sirven para protegerse del agua. Este estilo de casa se desarrolló al copiar la estructura de los mestizos que habitan en la llanura inundable, El atractivo para los Matsés es que este estilo de casa les permite no tener suelo de tierra.
Antes del contacto con el mundo exterior hace 50 años, todos los Matsés vivían en las malocas tradicionales, hoy en día la vivienda de estilo mestizo es la norma. Para construir una maloca sólo los ancianos que quedan tienen los conocimientos para hacerlo, lo que demuestra cómo este arte ancestral, antaño fundamental, está a punto de caer en el olvido.
Al anochecer en tierra matsés y como en la mayor parte de la Amazonia, la actividad se detiene y las familias se congregan en casa para compartir la comida y la conservación. En los pueblos Matsés de hoy, y como hace 50 años antes del contacto occidental, las antorchas "shupiwii" parpadean en los hogares llenos de humo mientras las familias se instalan para pasar la noche. Las shupiwii son antorchas tradicionales hechas con resina de copal que, envueltas en hojas de palma, duran varios días y aún hoy se utilizan mucho para iluminar las casas por la noche.
Siempre hay muchos animales de compañía en los pueblos, huérfanos de animales cazados que los niños Matsés acogen alegremente bajo su cuidado. Los perezosos, los monos y los pájaros son los más comunes, pero también se adoptan muchos otros animales.
