Los Matsés practican la agricultura de roza y quema, normalmente en una zona situada fuera del pueblo. Su dieta consiste en plátano, maíz y mandioca, complementados con frutos del bosque, pesca y caza. Las principales bebidas de los Matsés son el Chapo y la Chicha.
La actividad de la chacra o huerta/pequeña granja es muy común entre los pueblos de la Amazonia. La tala y la quema son técnicas utilizadas por los Matsés para hacer las chacras, que suelen estar situadas a poca distancia de la comunidad, accesibles a pie o en canoa. En estas chacras, o huertos, cultivan una gran variedad de alimentos, incluidos productos básicos como el plátano y la mandioca. La mayoría de los días, las mujeres Matsés y sus hijos visitan las chacras para cosechar una variedad de alimentos para compartir con la familia. Además de proporcionar alimentos, las madres se comprometen a aprender y enseñar a sus hijas y a transmitir los métodos agrícolas a la siguiente generación.
El chapo se bebe a diario en los pueblos; cuando los parientes y amigos visitan las casas de los demás, a menudo se les ofrece chapo; ya sea por la mañana o por la noche, la bebida desempeña un papel central en la cultura Matsés. Se hace hirviendo plátanos y se cuela la mezcla acuosa para dejar una deliciosa bebida dulce que puede consumirse tanto caliente como fría.
Conocida en toda Sudamérica, la chicha es una bebida fermentada o sin fermentar elaborada con distintos granos, maíz y frutas. Las distintas etnias tienen su propia forma y estilo de hacer chicha, los Matsés utilizan maíz seco y plátano en su receta.
El maíz que se ha secado sobre la chimenea se separa en una artesa de madera donde se machaca con un pesado utensilio de madera en un laborioso movimiento de vaivén. Después de trabajar el maíz, se añade el plátano y, con más trabajo, se pulverizan los ingredientes. Se añade agua y la mezcla se exprime y cuela a través de un colador tejido. El líquido recogido bajo el colador es la chicha, este proceso se repite varias veces, la mezcla de maíz se vuelve a triturar, se introduce en el agua de chicha y se cuela de nuevo. Finalmente, el líquido cremoso se hierve sobre el fuego antes de que esté listo para ser servido.
Para complementar su dieta básica de plátano, maíz y mandioca, los Matsés pescan y cazan, basándose en su conocimiento enciclopédico de la ecología de la selva tropical y en sus afinadas técnicas de caza y pesca. Para complementar su dieta básica de plátano, maíz y mandioca, los Matsés pescan y cazan, basándose en su conocimiento enciclopédico de la ecología de la selva tropical y en técnicas perfeccionadas de caza y pesca. Los Matsés cazan una gran variedad de animales de la selva; principalmente tapires (mamíferos del tamaño de un burro emparentados con el rinoceronte), pecaríes (que recuerdan a los jabalíes), ciervos, perezosos de dos dedos, armadillos, monos lanudos, monos araña, monos aulladores, monos saki, monos uacari, monos capuchinos, pacas (roedores del tamaño de un sabueso), agutíes (roedores más pequeños del tamaño de un perro), paujiles (parecidos a los pavos salvajes), pavas (aves del tamaño de una gallina), trompeteros (aves terrestres que viajan en bandadas), tinamús (aves parecidas a las perdices), codornices y caimanes. Al ser un pueblo igualitario, los Matsés, tras una cacería exitosa, comparten tradicionalmente la carne con sus parientes más próximos.
El pescado complementa la carne de la jungla; los matsés reconocen más de 100 especies, entre ellas el pez lobo, el pez hacha, el pez dientes de perro, el pez cuchillo, el bagre acorazado, la lubina pavo real, las pirañas, las rayas de agua dulce y las anguilas eléctricas. Hoy en día, la pesca se practica más con anzuelo y sedal, pero también tienen un ingenioso método que utiliza una planta tóxica.
Esta planta, conocida como chiun en matsés (huaca en español local; latín: Cliabadium remotiflorum) se utiliza para intoxicar a los peces y hacer que salten dentro y fuera del agua, lo que permite a los matsés atraparlos con redes.
Esta toxina abandona pronto a los peces, devolviéndolos a la normalidad y salvando a los que son demasiado pequeños para comer, a diferencia de la vid barbasco, más tóxica, que se utiliza habitualmente para envenenar los arroyos del Amazonas.