Los matsés practican la agricultura de tala y quema, normalmente en una zona situada fuera de la aldea. Su dieta se compone de plátano, maíz y yuca, complementada con frutos del bosque, pescado y caza. Las bebidas principales de los matsés son el chapo, elaborado con plátano hervido, y la chicha, que se prepara con maíz seco y plátano.

En las comunidades amazónicas, la agricultura a pequeña escala —o «chacra»— es una forma de vida. El pueblo matsés utiliza técnicas de tala y quema para crear estos huertos, que suelen situarse a poca distancia a pie o en canoa de sus hogares. En estas chacras cultivan una gran variedad de productos alimenticios, entre los que se incluyen alimentos básicos como el plátano macho y la yuca. Casi todos los días, las mujeres y los niños se dirigen a las chacras para recolectar alimentos para la familia. Más allá de proporcionar sustento, estos huertos sirven como aulas al aire libre donde las madres transmiten conocimientos agrícolas esenciales y tradiciones a sus hijas y a las generaciones futuras.

El chapo se bebe a diario en los pueblos. Cuando los familiares y amigos se visitan entre sí, suele ofrecerse chapo; ya sea por la mañana o por la noche, esta bebida ocupa un lugar central en la cultura matsés. Se elabora hirviendo plátanos macho, y la mezcla acuosa se cuela a través de un colador tejido de forma natural, o «secte», para obtener una bebida deliciosamente dulce que se puede tomar tanto caliente como fría.

La chicha, muy conocida en toda Sudamérica, es una bebida fermentada o no fermentada elaborada a partir de diversos cereales, maíz y frutas. Cada cultura tiene su propia forma y estilo de preparar la chicha; los matsés, por ejemplo, utilizan una combinación de maíz seco y plátano en su receta.

El maíz, que se ha secado al fuego, se vierte en una artesa de madera donde se tritura con una paleta grande y pesada de madera, mediante un laborioso movimiento de vaivén. Una vez trabajado el maíz, se añade el plátano a la mezcla y todos los ingredientes se pulverizan juntos. A continuación, se añade agua a la mezcla antes de exprimirla y colarla a través de un tamiz tejido de forma natural llamado «secte», elaborado con las hojas de una planta alta similar al bambú llamada «mando-dannësh» o «huarumá» en español (Ischnosiphon puberulus), que se utiliza habitualmente para la cestería. El líquido filtrado es la base de la chicha, y este proceso se repite numerosas veces, triturando de nuevo la mezcla de maíz, añadiéndola al agua de la chicha y colándola de nuevo. Finalmente, el líquido cremoso se hierve al fuego antes de estar listo para servir.

Para complementar su dieta básica a base de plátano, maíz y yuca, los matsés se dedican activamente a la pesca y la caza, valiéndose de su enciclopédico conocimiento de la ecología de la selva tropical y de sus perfeccionadas técnicas de caza y pesca. Cazan una gran variedad de animales de la selva tropical; principalmente tapires (mamíferos del tamaño de un burro emparentados con el rinoceronte), pecaríes (parecidos a los jabalíes), ciervos, perezosos de dos dedos, armadillos, monos lanudos, monos araña, monos aulladores, monos saki, monos uacari, monos capuchinos, pacas (roedores del tamaño de un beagle), agutíes (roedores más pequeños del tamaño de un perro), pavas (similares a los pavos salvajes), guan (aves del tamaño de un pollo), trompeteros (aves terrestres que viajan en bandadas), tinamúes (aves parecidas a las perdices), codornices de bosque y caimanes. Al ser un pueblo igualitario, los matsés comparten tradicionalmente la carne tras una caza exitosa con sus familiares más cercanos.

Para los matsés, el pescado es un complemento habitual de su dieta a base de carne de animales de la selva. Reconocen más de 100 especies de peces, entre las que se incluyen el pez lobo, el pez hacha, el pez diente de perro, el pez cuchillo, el bagre acorazado, el pavón, las pirañas, las rayas de agua dulce y las anguilas eléctricas. Hoy en día, la pesca se practica más comúnmente con anzuelo y sedal, pero también cuentan con un ingenioso método que implica el uso de una planta tóxica.

Esta planta tóxica se conoce como «chiun» en matsés (huaca en español local; en latín: Cliabadium remotiflorum), cuyo efecto intoxicante sobre los peces hace que estos salten dentro y fuera del agua, lo que facilita su captura con redes.

Esta toxina acaba filtrándose fuera de los peces, lo que les devuelve a su estado normal y, además, salva la vida de los peces que son demasiado pequeños para ser consumidos, a diferencia de la liana de barbasco, más tóxica, que se utiliza habitualmente para envenenar los arroyos del Amazonas.