En 1998, el gobierno peruano estableció la Reserva Territorial Iskonawa con el fin de salvaguardar los derechos, el hábitat y las condiciones para garantizar la supervivencia y el bienestar del pueblo iskonawa, tanto de los que viven en aislamiento como de los que han tenido un contacto inicial.
La reserva Iskonawa tiene una superficie aproximada de 298.487 hectáreas y está ubicada en el distrito de Calleria, provincia de Coronel Portillo, en el departamento de Ucayali. Su territorio comprende las cabeceras de los ríos Abajao, Utuquinia y Calleria, y se extiende hasta la zona fronteriza entre Perú y Brasil.
Los iskonawas que viven aislados y los que han tenido algún contacto con el "mundo exterior" realizan migraciones estacionales en busca de nuevos recursos para su subsistencia. Mantienen la costumbre de habitar grandes casas de forma temporal, especialmente durante la época de lluvias. Y aprovechan las estaciones secas y el estiaje del río para capturar pequeñas tortugas que encuentran en las playas.
Por otro lado, también hay conflictos territoriales que ponen en peligro la vida de los iskonawa. Las actividades económicas ilegales, como las concesiones madereras, han puesto de manifiesto las tensiones entre los shipibo-konibo y los iskonawa de la comunidad de Chachibai.
El Ministerio de Cultura afirma: "la falta de territorio para el pueblo Iskonawa es una "vulnerabilidad que afecta su vida y desarrollo como pueblo (...) en este caso en particular, el proceso de contacto implicó movilidad espacial hacia zonas de contacto con otros pueblos Indígenas, y también cierta dispersión territorial de su población" Foco (2023). En este marco, el Ministerio de Cultura continúa un proceso legal para dicho reconocimiento y protección.