Cabe destacar que los matsigenka comparten su territorio ancestral con grupos en aislamiento voluntario y contacto inicial (PIACI). Entre ellos se encuentran los mashco piro, cuya lengua comparte afinidades lingüísticas con la del pueblo yine, lo que facilita en cierta medida el entendimiento mutuo. Además, la región alberga subgrupos específicos de matsigenka que se encuentran en contacto inicial.

Los matsigenka en contacto inicial refieren que, el aislamiento de algunos grupos familiares responde a su temor de ser capturados y vendidos, en clara alusión a los vejámenes sufridos durante el auge de la economía del caucho en las cuencas del Urubamba y Manu (Huertas, 2020).

En los últimos años, el avistamiento y contacto con indígenas en aislamiento voluntario ha generado numerosas interrogantes y preocupaciones sobre su futuro, ya que se encuentran en un estado de vulnerabilidad. Estos grupos enfrentan riesgos como enfermedades inmunológicas, conflictos violentos con agentes externos (como madereros ilegales, narcotráfico, etc.), que pueden poner en peligro su supervivencia.

El extractivismo y la migración de colonos a la selva provocaron la depredación de los recursos naturales, la usurpación de tierras, la explotación de la mano de obra indígena y enfrentamientos entre forasteros en el contexto de la economía ilegal. Esta situación llevó a algunos matsigenkas a acudir a misioneros católicos y evangélicos en busca de atención médica y alimentos; otros optaron por alejarse y aislarse, huyendo de los malos tratos. Estos son algunos de los matsigenkas que se encuentran en aislamiento voluntario y contacto inicial, como los del Kugapakori, los nahua y los que viven en la Reserva Territorial Nanti.

Este no ha sido el caso de las comunidades matsigenka ubicadas dentro del Parque Nacional del Manu (PNM), pero no han permanecido socialmente estables. Para la población indígena que vive en el Parque Nacional del Manu y sus alrededores, esto representa tanto una oportunidad como un desafío. Desde la creación de las áreas naturales protegidas (ANP), sus habitantes se han visto a salvo de numerosas amenazas externas que podrían haber puesto en peligro su supervivencia, pero el cambio también afecta a sus medios de vida y a sus expectativas de desarrollo (Herrera, 2022).

En la región de Madre de Dios, los matsigenkas viven tanto dentro como fuera de las AMP, de las cuales las que se encuentran dentro del Parque Nacional del Manu son: Yomibato, Tayakome, Tsirerishi o Maizal y Sarigeminigiki, así como la comunidad de Santa Rosa de Huacaria (que tiene más de la mitad de su territorio dentro del PNM) (Herrera, 2021). Las comunidades ubicadas al este y adyacentes al MNP son Shipetiari y Palotoa-Teparo, la comunidad Diamante y Boca Ishiriwe, que comparten territorio con los harakbut y los yine (Fabian, 2022). Por último, también hay asentamientos dispersos en contacto inicial en Cumerjali, Sortileja y Alto Yomibato, que se encuentran al norte, y al sur están Abaroa, Mameria, Nystrom, Piñipiñi y Amelia (Sernanp, 2014).