Es relevante mencionar que los matsigenka comparten su territorio con pueblos en aislamiento voluntario y en contacto inicial, como los Mashco Piro. Estos últimos tienen un idioma entendible para los miembros del pueblo Yine, y se encuentran en situación de aislamiento voluntario. También existe población en contacto inicial conformada por subgrupos de matsigenka.

Los matsigenka en contacto inicial refieren que, el aislamiento de algunos grupos familiares responde a su temor de ser capturados y vendidos, en clara alusión a los vejámenes sufridos durante el auge de la economía del caucho en las cuencas del Urubamba y Manu (Huertas, 2020).

En los últimos años, el avistamiento y contacto con indígenas en aislamiento voluntario ha generado numerosas interrogantes y preocupaciones sobre su futuro, ya que se encuentran en un estado de vulnerabilidad. Estos grupos enfrentan riesgos como enfermedades inmunológicas, conflictos violentos con agentes externos (como madereros ilegales, narcotráfico, etc.), que pueden poner en peligro su supervivencia.

El extractivismo y la migración de colonos hacia la selva propició la depredación de los recursos naturales, la usurpación de las tierras, la explotación de la mano de obra indígena y enfrentamientos entre personas externas en el marco de la economía ilegal. Esta situación hizo que algunos matsigenkas recurrieron a los misioneros católicos y evangélicos, en busca de atención médica y alimentos; otros optaron por alejarse y aislarse, huyendo de los maltratos. Ellos son los matsigenkas que se encuentran en aislamiento voluntario y contacto inicial, como los de la Reserva Territorial Kugapakori, Nahua, Nanti.

Este no ha sido el caso de las comunidades Matsigenkas ubicadas dentro del Parque nacional del Manu (PNM), pero no por ello se han mantenido socialmente estables. Para la población indígena que habita en el Parque Nacional del Manu y sus adyacentes, representa tanto una oportunidad como un desafío. Desde que las áreas naturales protegidas (ANP) han sido creadas, sus habitantes se encontraron a salvo de numerosas amenazas externas que pudieran haber puesto en riesgo su supervivencia, pero el cambio también incide en sus modos de vida y expectativas de desarrollo (Herrera, 2022).

En Madre de Dios, los matsigenkas que habitan tanto dentro como fuera del PNM, de las cuales las que encuentran dentro del Parque Nacional del Manu, son: Yomibato, Tayakome, Tsirerishi o Maizal y Sarigeminigiki,  ademas se encuentra presente la comunidad de Santa rosa de Huacaria (que tiene más de la mitad de su territorio dentro del PNM) (herrera, 2021). Las comunidades que se encuentran al este y en colindancia con el PNM son Shipetiari y Palotoa-Teparo, la comunidad diamante y boca Ishiriwe que comparten territorio con harakbut y yine (Fabian, 2022). Finalmente, existen también asentamientos dispersos en contacto inicial en Cumerjali, Sortileja y Alto Yomibato, que se encuentran al norte; en abaroa, mameria, nystrom, piñipiñi y amelia, al sur (sernanp,2014).